お薬の副作用で、下痢・軟便、味覚異常、アレルギー、肝機能の検査値の悪化などが報告されていますが、どれも一時的なものと考えられています。当院の経験で言えば、一番多いのは味覚障害です。食事をしても味がおかしいとか、口の中が苦いと訴えられる方がいますが、除菌終了後にはもとに戻っています。次に多いのが下痢・軟便ですが、これも２、３日でよくなっている人が殆どです。他にアレルギー（発疹・かゆみ）を訴えられた方が少数いらっしゃいます。
また、いわゆる除菌の副作用ではないのですが、除菌が成功した後に逆流性食道炎が起こる場合があることも報告されています。これも、一時的・軽微な場合が多いです。